שְׁאֵלָה:
נגישות ממס, שיטת הניתוק של 20%
harpalss
2013-02-19 17:27:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני קורא את המאמרים המקושרים למטה ושלושתם מציינים ניתוק של 20% עבור שאריות קבורות / חשופות, על ידי חישוב ערך נגישות ממס יחסית (RSA).

אני מבין כיצד ה- RSA מחושב על ידי חלוקת נגישות הממס הממוחשבת לערכי הנגישות הממסים הכוללים מנייר 4 טבלה 2. אם מחושבים על ארגינין נגישות ממס של 55.43 והנגישות הכוללת של ממס שלו היא 241, אז ה- RSA = 55.43 / 241 = 23%, ולכן ארגינין זה נחשב לחשוף (ראה הצהרה 1 להלן).

מה שמשאיר אותי מבולבל הוא ההגדרה או היעדר השיטה 20% להגדרת שאריות חשופות או קבורות.

אני מניח שזה אומר אחד מהבאים:

  1. אם חומצות אמינו RSA נמוכות מ- 20% היא קבורה ומעל 20% היא חשופה. כך שחומצת אמינו עם RSA של 21% נחשבת לחשופה, ערך זה נראה לי מעט נמוך. אני חושב שאמירה 2 תהיה הגיונית.

  2. אם חומצות אמינו RSA נמוכות מ- 20% היא קבורה ומעל 80% היא חשופה.

איזו אמירה אם ישנה נכונה?

מאמר 1 - ראה סעיף ראשון בסעיף השיטות

נייר 2 - ראה איור 5 וטבלה 3

נייר 3 - ראה תקציר ומערך נתונים

נייר 4 - ראה טבלה 2 עבור הערכים הכוללים

שתיים תשובות:
shigeta
2013-02-19 20:11:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

שלה 1. מתחת לניתוק, קבור , מעל לניתוק נגיש .

מאמר 1: "קיצוץ של 20% שימש להגדרת שתי המדינות, קבורות או חשופות. עם הגדרה זו, מערך הנתונים היה מפוצל, בערך, באופן שווה בין שתי המדינות . "

רק שתי מדינות אפשריות: נגיש עם ממס ונקבר.

מאמר 2: "שאריות נתונות מוגדרות כחשופות (ה) אם ה- RSA שלה גדול יותר מחתך הערך, ואחרת הוא מוגדר קבור (ב)."

תקציר עבור מאמר 3: קיצוץ של 20% להגדרת שתי מדינות של נגישות ממס.

אם זה היה הגדרה מס '2 זו הייתה הגדרה של שלושה מצבים.

נייר 4: "בממוצע, 15% מהשאריות בחלבונים קטנים ו -32% בגדולים יותר מסווגים כ"שאריות קבורות ", שפחות מ -5% משטחם נגיש לממיס ..."

מאמר זה, על ידי דיקן הניתוח המבני כורש צ'ות'יה, משתמש בניתוח של 5% ולא 20 % ...

התקציר ממשיך ואומר ... "הנגישות של רוב השאריות האחרות מפוזרת באופן שווה בטווח 5 עד 50%."

קטע זה רומז ש- SA אפילו לא עולה עד 80%. רק בהתחשב בכך שלעתים קרובות לא תקבל יותר מלהגיד 60% עם החישוב הזה. אני רק מנחש; אלא שהמחשבה היא שאם לא תהיה בסוף החלבון, שלעתים קרובות מופרע ולא מופיע במבנה גביש, יהיו לך שתי חומצות אמינו צמודות לכל שאריות - רק האזור הנגיש לממס שנלקח על ידי קשר עם שכנים יכול בקלות להיות 20% מהסך.

בברכה! ניירות הם כמו קיר מילים. זה שולל את העובדה שהשיטות הן לרוב השיטה הפשוטה ביותר שאתה יכול לחשוב עליה.
Anders Jing
2015-05-09 17:13:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

האם אתה בטוח שנוסחת ה- RSA נכונה? מצאתי תיאור אחר classes שיעורי נגישות ממסים יחסית נגזרים בדרך כלל מתכנית DSSP על ידי נורמליזציה לערך המרבי של שטח הפנים החשוף שניתן להשיג עבור כל שאריות. סף שרירותי שונה ערכי נגישות ממס נבחרים להגדרת קטגוריות בינאריות (קבורות וחשופות) או קטגוריות שלישיות (קבורות, חשופות או חשופות חלקית).

Pollastri, G., Baldi, P., Fariselli, P., & Casadio, R. (2002). חיזוי מספר תיאום ונגישות ממס יחסית בחלבונים. חלבונים: מבנה, פונקציה וביואינפורמטיקה, 47 (2), 142-153.



שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...