שְׁאֵלָה:
מה גורם לנתיבים מוטים בניסוי אלקטרופורזה של ג'ל DNA?
evamvid
2014-02-27 08:55:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

באלקטרופורזה ג'ל, מה גורם לתופעות כמו אלה (ראה טור 11 בראשונה, וטור 6 בשני)?

this this

( תמונות אלה היו דוגמאות שלקחתי מפעילות מקוונת שעשינו לשיעור)

שתיים תשובות:
Chris
2014-02-27 12:40:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

מדובר בג'לים של רצף (במקרים כאן אפילו רדיואקטיביים) - הם מנוהלים הרבה יותר זמן מאשר ג'לים אגרוזיים רגילים והם עשויים מפוליאקרילאמיד. אני מניסיוני, הסיבה הסבירה ביותר להטיית נתיבים (לא רק להקות) הן דגימות, שעדיין מכילות יותר מדי מלחים מתגובות ה- PCR. זה יכול לקרות גם ללהקות בודדות כפי שנראה כאן. בסך הכל מדובר עדיין בג'לים די נחמדים ונקיים, ראיתי הרבה יותר גרוע.

סיבות אחרות הגורמות לג'לים לא אחידים הן מקרים בהם האקרילאמיד לא מעורבב מספיק טוב (גורם לג'ל לריכוז שונה וכך גורם תנאי ריצה שונים), התחממות לא אחידה (אם כי בדרך כלל זה היה מונע על ידי מערכת חימום הג'ל) וג'לים דולפים בהם השדה החשמלי לא היה אחיד לחלוטין.

האם בבקשה לפרט מדוע יותר מדי מלח מ- PCR יכול להוביל לכך? תודה!
ריכוזי המלח השונים גורמים לתנאים שונים לזרמים הזורמים דרך הג'ל. כאשר התנאים אינם אחידים, אז השדה אינו אחיד, מה שגורם לחומצות הגרעין המועברות לא לנוע אחידות. נוכל לקרוא לזה "הפרעה בכוח" :-)
rhill45
2014-09-03 05:09:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

ההצעה של כריס אפשרית מאוד, מלח גבוה מראה באופן אופייני לקראת סוף הג'ל. אך ישנם חשודים נוספים. זה נראה כאילו זה רק ג'ל אגרוזה, נכון? ראיתי כמה דברים שגורמים לכך, כולל הג'ל לא ברמה, הג'ל משתנה במהלך ההפעלה שלו אחוז האגרוזה אינו אחיד והטמפרטורה עולה לקראת הסוף. אם תעשה זאת שוב, עקוב אחר עוצמת הספק שלך במהלך השעה השנייה בערך.

אך ראשית, נסה לבצע ניקוי PCR מהיר בעמודה (הקפד להשיג אחד שלא ישאיר את השברים הקטנים שלך. ) או לחילופין מיצוי פנול ואחריו משקעי ETOH יטהר את תגובתך; והכוח יהיה איתך.



שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...