אני קורא מעל מאמרים של ENCODE Nature, ואחד מהמאמרים שהתייחסו אליהם הוא "מיפוי גלובלי של אינטראקציות בין חלבונים ל- DNA in vivo על ידי דיגיטל" מאת Hesselberth et al ^[1] .

טביעת רגל גנומית היא גרסה מקבילה מאסיבית של בדיקת רגישות יתר של DNAse I, שלדעתי יש לי ידית טובה עליה, אבל אני לא מבין את הפסקה הזו מתחילת התוצאות. (החלק המטריד נמצא ב כדור ) :

כדי לדמיין את תפוסת החלבון הרגולטורי על פני הגנום של Saccharomyces cerevisiae, חיברנו את עיכול DNase I של גרעיני שמרים עם DNA מקביל באופן מסיבי רצף ליצירת מפת גנום שלם צפוף של נגישות תבנית DNA ברמת נוקלאוטיד. ניתחנו מצב סביבתי בודד היטב, שמרים תאים שטופלו בפקטור α פרומון, המסנכרן תאים בשלב ה- G1 של מחזור התא. בידדנו גרעיני שמרים וטיפלנו בהם בריכוז DNase I המספיק לשחרור שברי DNA קצרים (<300 bp) תוך שמירה על עיקר הדגימה במינים בעלי משקל מולקולרי גבוה (איור משלים 1). שברים קטנים אלה נובעים משני "פגיעות" של DNase I בסמיכות, ולכן בידודם ממזער זיהום על ידי קצוות פרגמנטים בודדים שמקורם בגזירה אקראית. מכיוון שכל קצה שברי ה- "פגיעה הכפולה" של DNase I מייצג באתר מחשוף in vivo DNase I, ניתן לקבוע בקלות את הרצף ומכאן המיקום הגנומי על ידי רצף (שיטות משלימות).

יש התייחסות למאמר אחר של Sabo et al. [2] על מבחני DNase בקנה מידה גנום באמצעות מיקרו מערכים בפסקה זו שקראתי, אך אם מישהו מבין את הביולוגיה היטב, אודה מאוד לתשובה. / p>

1. Hesselberth JR, Chen X, Zhang Z, Sabo PJ, Sandstrom R, Reynolds AP, Thurman RE, Neph S, Kuehn MS, Noble WS, Fields S, Stamatoyannopoulos JA . 2009. מיפוי גלובלי של אינטראקציות בין חלבונים ל- DNA in vivo על ידי טביעת רגל גנומית דיגיטלית. שיטות טבע 6 (4): 283–289, doi: 10.1038 / nmeth.1313.
2. סאבו PJ, Kuehn MS, Thurman R, Johnson BE, Johnson EM , Cao H, Yu M, Rosenzweig E, Goldy J, Haydock A, Weaver M, Shafer A, Lee K, Neri F, Humbert R, Singer MA, Richmond TA, Dorschner MO, McArthur M, Hawrylycz M, Green RD, Navas PA, Noble WS, Stamatoyannopoulos JA . 2006. מיפוי בקנה מידה גנום של רגישות DNase I in vivo באמצעות מיקרו מערכי DNA. שיטות טבע 3: 511-518, doi: 10.1038 / nmeth890.