שְׁאֵלָה:
לכמה חלבונים אנושיים יש מבנה תלת ממדי פתור?
Gergana Vandova
2011-12-23 10:27:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

תהיתי כמה חלבונים אנושיים הם בעלי מבנה תלת ממדי פתור. האם יש מאגר מידע עם חלבונים אנושיים בלבד? הסתכלתי על pdb אבל לא מצאתי פילטר.

אני חושב שיהיו לך הרבה בעיות עם יתירות, במיוחד אם אתה רוצה לדעת את מספר החלבונים הייחודיים.
@GWW אני מניח שכתיבת תסריט קטן יכולה להיפטר מהיתירות.
יתכן שיהיה לך מזל טוב יותר לשאול את השאלה הזו ב- [biostar] (http://biostar.stackexchange.com).
שימו לב ש"נפתר "הוא מאוד סובייקטיבי. לא כל המבנים באיכות גבוהה, וחלקם פשוט לא נכונים עקב שגיאות ניסיוניות.
זו שאלה מאוד נושאית משתי סיבות: מאגר החלבונים מקבל מבני NMR וקריסטל של חלבונים המציעים דרגות רזולוציה ודיוק שונים. מבנים אלה הם גם סובייקטיביים במקצת מכיוון שהחלבון עשוי לאמץ קונפורמציות שונות בהתאם להקשר הביולוגי הרלוונטי שלו. שלישית, מיצוי הממיסים עלול להטיל מבנה שגוי.
לרבים מחלבונים אלה רק תחום או שניים נפתרים כמבנים. חלבונים מן החי קשים ככה. שם השאלה הזו הופכת לאימוה קצת קשה.
ארבע תשובות:
#1
+19
Michael Kuhn
2011-12-23 17:17:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

6405 חלבונים הממופים ל -5220 גנים, על פי Ensembl.

ב- BioMart של Ensembl, אתה יכול לבחור את מזהה ה- PDB כהפניה חיצונית. ייצא את התוצאות וספר את החלבונים / גנים הייחודיים בעלי מזהה PDB.

#2
+12
Aleksandra Zalcman
2012-01-15 06:06:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

PDB הוא משאב טוב למענה על שאלות כאלה, מכיוון שהוא יאפשר לך לסנן תוצאות לפי פרמטרים רבים נוספים. לספירה ולחילוץ מבנים תלת-ממדיים של חלבונים אנושיים:

  1. פתח את מתקדם כרטיסיית החיפוש באתר ה- PDB.
  2. בחר ביולוגיה קוד> -> אורגניזם מקור מהתפריט.
  3. הקלד Homo sapiens (אנושי) .
  4. ניתן להפחית יתירות על ידי סימון הסר רצפים דומים ב- n% זהות למטה.
  5. הגש שאילתה.

להוספת מסננים נוספים, לחץ על צמצם שאילתה באמצעות חיפוש מתקדם . שם ניתן לחלץ מבנים לפי תאריך התצהיר, איכות (למשל רזולוציה או גורמי R למבנים שנפתרו על ידי עקיפה רנטגן), ליגנדים, סיווג אנזים וכו '(על ידי סימון הוסף קריטריונים לחיפוש )

חפש חלבונים אנושיים עם הסרת הומולוגים עם 90% ניתוק זהות מביא 7117 מבנים. מספר מבני חלבון הרנטגן באיכות טובה (רזולוציה < 2.5A) עומד כעת על 3964 (עם אותו חתך זהות).

לאחר מכן תוכל להוריד את הרשימה שנאספה או ליצור דוחות מותאמים אישית (תפריטים למטה).

כלי טוב (המשמש גם את PDB) ליצירת מערכי נתונים חלבונים שאינם מיותרים הוא cd-hit.

#3
+3
GWW
2011-12-23 10:45:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

מהתגובות שלך לא נראה שאתה שלילי לכתוב כמה סקריפטים מותאמים אישית, ולכן אפשרות אחת תהיה לנצל את מסד הנתונים של NCBI Structure. תוכלו לסנן אותו על ידי אורגניזם ואז להוריד את התוצאות כקובץ טקסט / XML. אם אתה זקוק לגישה לנתוני ה- PDB הגולמיים תוכל להוריד את ארכיון ה- PDB ולבחון את אלה ברשימה המסוננת שלך.

#4
  0
PDB annotator
2015-04-19 10:53:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

מערכת החיפוש החדשה של PDBe נועדה לענות על שאלות כאלו http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/search/index?organism_synonyms:HUMAN&view=macromolecules

מראה שיש 6964 מקרומולקולות אנושיות ייחודיות עם נתוני מבנה ב- PDB.

כמובן, רבים יהיו שברי חלבונים ולא כל המולקולה.



שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...