שְׁאֵלָה:
מהם הגורמים המגבילים את אורך האינטרון?
Michael Kuhn
2011-12-15 14:36:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

כדי לחזות גנים מגנום רצפי, עליך להגדיר אורך אינטרון מקסימלי. כמה זמן יכולים אינטרונים להיכנס לבעלי חיים? האם יש מגבלה כלשהי?

אני לא יודע לגבי האורך המרבי, אבל אני מניח שלגודל המינימלי, התכונות המכניות של ה- DNA הן הגורמים המגבילים. תחת גודל מסוים, ה- DNA פשוט נוקשה מכדי ליצור את הלולאות הנדרשות במהלך שחבור.
שתיים תשובות:
#1
+8
KAM
2011-12-22 23:33:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני חושב שהערכים שלעיל (500-750 kb) שגויים. http://www.bioinfo.de/isb/2004040032/ מראה שרוב האינטרונים הם פחות מ -10 קילוגרמים (וניסיון אישי בדרוזופילה מאשר כי - אני לעתים נדירות ראיתי אינטרון גדול מכ- 5 kb). יש כמה כאלה גדולים מאוד, אך מכיוון שכמעט בלתי אפשרי לזהות את תגובת השחבור, במיוחד אם הם גדולים מאוד, לא ברור אם הם רתומים כאינטרון אחד גדול או במקום חיתוך רקורסיבי (בצעדים קטנים, כמו ב- http://www.genetics.org/content/170/2/661.full.pdf+html). אני חושב שזה בטוח לומר שאנחנו לא יודעים כמה זמן יכולים להיות האינטרונים הגדולים ביותר.

#2
+6
GWW
2011-12-16 13:38:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אם אתה בוחן את הגנום האנושי ~ 99% מהאינטרונים הם מתחת ל -500 kb. הייתי מניח שמגבלה בין 250 קילו- עד 500 קילו-סביר היא סבירה לחיזוי גנים. אתה יכול לחזות באופן שגוי את המבנה התקין של מספר קטן של גנים שיש להם את האינטרונים הגדולים האלה, אבל זה צריך להיות מספר קטן. יתר על כן, מערכי הרצפים הפופולריים ביותר נוטים לקבוע מגבלת אורך אינטרון בין 500 kb ל 750 kb.

רק זכור כי אתה עשוי להגדיל את מספר האינטרונים החיוביים המזויפים שאתה מזהה אם תגדיר מגבלה זו לגבוהה. לכן, כדאי לנסות כמה הגדרות ולהעריך את התוצאות.

עריכה:

הניחוש שלי הוא כי אינטרונים גדולים יותר מוגבלים אצל יונקים משתי סיבות

  • קשה יותר לספליזוזום לכרות כראוי. יתכן שהספליוזום הפחית את ההרכבה באתרי החבילה המתאימים של 5 '/ 3' ובאתר נקודת הסניף. יש גם סיכוי גבוה יותר שיהיו אתרי אחוי קריפטיים / דמהיים עם האינטרון.
  • הם מגדילים את הזמן שנדרש לתמלול הגן


  • שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
    Loading...