שְׁאֵלָה:
חלופות לאתידיום ברומיד לצביעת חומצות גרעין קטנות?
Mad Scientist
2012-01-03 21:35:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אמנם אתידיום ברומיד פועל היטב לצביעת רב-חד-גדילי חד-גדילי או מולקולות DNA גדולות כפולות, אך אינו מכתים חומצות גרעין קטנות במיוחד. הבחנתי שבסביבות 20 בסיסים ומטה חומצות גרעין חד גדיליות קשה לראות עם צביעה של EtBr אלא אם כן חומצות הגרעין מרוכזות מאוד.

מהן חלופות טובות לתצפית על חומצות גרעין קטנות בג'לים פוליאקרילאמיד? השיקול העיקרי יהיה קלות השימוש, והוא אמור להיות אפשרי ללא כל ציוד חריג.

שתיים תשובות:
#1
+8
harpalss
2012-01-04 00:16:23 UTC
view on stackexchange narkive permalink

רשימת צבעים זמינה כאן ורשימת צבעים ספציפיים לחומצות גרעין זמינה כאן. אני חושב שיש לך שתי אפשרויות כתם ג'ל חומצת גרעין SYBR זהב (S11494) שניתן לזהות באור UV (לא בטוח אם ניתן להשתמש בו עם ג'לים פוליאקרילאמיד). האפשרות האחרת שלך שניתן להשתמש בה עם ג'לים פוליאקרילאמיד היא כתם ג'ל SYBR Green II RNA ג'ל (S7564, S7568, S7586), ניתן לזהות כתם זה באמצעות אור UV לאחר אלקטרופורזה. זה קובע RNA בשם אבל זה יכול לשמש גם עבור ssDNA.

מקווה שזה יעזור

#2
+7
bobtheowl2
2012-01-04 07:44:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

הייתי חושב שגם GelRed או GelGreen יהיו אופציה. הם טוענים שהם רגישים יותר מ- EtBr ובוודאי פחות רעילים (אפילו יותר מ- SYBR Green). באופן אישי לא השתמשתי בהם כנגד מוצר bp כל כך קטן. ל- GelRed יש בעצם אורכי גל עירור / פליטה כמו EtBr ולכן אין צורך בשינוי ציוד.

דף המוצר

קישור לחנות

שמעתי כמה אנשים מתלוננים על כך ש- GelRed פחות רגיש מ- EtBr. כמו כן, פוסט בבלוג מעניין על הרעילות של EtBr ו- SYBR Green: http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html.
מעניין. לא ערכתי השוואה ולכן אני לא יכול לדבר בצורה כזו או אחרת. אבל אני זוכר מאמר דומה שמתישהו אמר דבר דומה (EtBr הוא לא כל כך גרוע כמו שאתה חושב, ו- SYBR Green הוא באמת לא "חלופה בטוחה יותר" כפי שפורסם).
אין דבר כזה כתם פלואורסצנטי DNA "בטוח". הצבע פועל על ידי קישור בין נוקלאוטידים ב- DNA והוא נשאר שם. אם קטע זה של ה- DNA יועתק או נקרא בהמשך, הוא יגרום לשגיאות. מלבד זאת, מולקולה אחת של EtBr משתלבת בממוצע, בין אחד משלושה נוקליאוטידים (1 EtBr / 3 בסיסים). חוזק האות עבור EtBr או צבעים אחרים הוא ביחס ישר למסה ולאורך ה- DNA.


שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...