שְׁאֵלָה:
כיצד נקבעים גבולות הגן?
ghchinoy
2011-12-19 22:16:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

באילו תהליכים ושיטות סטטיסטיות משתמשים גנטיקאים / ביולוגים מולקולריים כדי לדעת היכן גן אחד מתחיל ונגמר?

למה מתייחס התג "הבסיסי"?
חשבתי שהשאלה היא יותר בסיסית שתזרע את הקבוצה, אז תייגתי אותה _בסיסית_. אם זה לא פרוטוקול, אל תהסס להסיר.
@ghchinoy: תייגתי את זה מחדש, בהנחה שזה [מטא תג] (http://blog.stackoverflow.com/2010/08/the-death-of-meta-tags/) (למרות שזו שאלה לגבי זוגות בסיס)
רק כדי להבהיר: אנחנו מדברים על * גנים מקודדי חלבון * כאן, נכון? יש הרבה יותר שהשיטות שונות לגמרי לגביהם.
@KonradRudolph האם אתה יכול להתייחס לסוגי הגן ולשיטות האחרות? תודה.
@ghchinoy רק כדוגמה, אני עובד כרגע על גנים של tRNA ומכיוון שהם משתמשים בפולימראז אחר, היזם שלהם ואתר הסיום נראה שונה במידה ניכרת. הדבר נכון לגבי כל שאר ה- RNA שאינם מקודדים ואז ישנם דברים כמו פסאודוגנים ו- LINEs / SINE (אלה בדרך כלל לא נחשבים גנים, אך בשל הדמיון שלהם לגנים RNA שאינם מקודדים הם מסבכים את הניתוח). ובכל זאת, למעשה ישנן שיטות ביואינפורמטיות למציאת אותם גנים. הם משתמשים בעיקר בחיפוש מוטיבים ככל שידוע לי.
ארבע תשובות:
#1
+12
agrimaldi
2011-12-20 00:02:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

ידוע לי על גישה נאיבית אחת בלבד לקביעת גבולות הגן: RACE-PCR. ישנם שני סוגים, 3 'ו- 5' RACE, המאפשרים למצוא את הגפיים המתאימות.

הרציונל הוא הבא:

  • אתה מבצע הפוך תעתיק של תמליל העניין באמצעות פריימר ספציפי. בשלב זה יש לך cDNA חד-גדילי ספציפי.

  • ואז אתה מוסיף רצועה של נוקליאוטידים זהים הנקראים זנב הומופולימרי בחמש 'של ה- cDNA.

  • לבסוף אתה מבצע PCR באמצעות פריימר ספציפי אחד ופריימר אוניברסלי אחד שמזהה את הזנב ההומופולימרי. אתה יכול לרצף את ה- cDNA המוגבר שלך ולמצוא היכן הוא ממוקם בגנום ברזולוציה של 1 bp.

עבור ה- 3'RACE, הרעיון הוא זהה אך משתמשים בזנב הפולי-A במקום לייצר אותו בעצמך באמצעות טרנספר טרנסאז '.

ראה מאמר זה לפרוטוקול מפורט:

Sambrook J, Russell DW . 2006. הגברה מהירה של סיומות cDNA 5 '(5'-RACE). פרוטוקולי CSH 2006.

כמו כן, מאמר הוויקיפדיה המתאים נותן לך פרטים נוספים על המתרחש בכל שלב, אך היזהר, יש שגיאה: זוהי אמר כי עבור ה- 5'RACE, העברת הטרמינל הטרמינלית מוסיפה את הזנב ההומופולימרי ב -3 'ואילו היא מוסיפה אותו ב 5'

-1: זו עשויה להיות גישה טובה לראות את גבולות ה- ORF (למען האמת, לא תמיד אתה זקוק למירוץ, PCR פשוט עשוי לעבוד גם כן), ולא של גן. מה לגבי גורמים מקדמים ורגולטוריים? כמו כן, מה היתרון בהשוואה, נגיד, לגישה ביואינפורמטיקה לאחר רצף?
@nico: לכן, עם ההגדרה שאתה מספק, לגן אין גבולות.
@nico: אוקי, אני מבין את הנקודה שלך, אבל אני לא חושב שה- OP חשבה את ההגדרה הזו של גן. כמו כן, אני מסכים לחלוטין שטכנולוגיות חדשות כגון RNA-seq נותנות לך מענה מקיף יותר לביאור הגנום.
אנחנו יכולים לדון במשך שעות על ההגדרה הנכונה של גן, אבל אני לא חושב שיש הרבה מה לדון בעובדה שהיזם הוא חלק מגן. ועל ידי תעתיק מחדש של mRNA אתה לא מקבל את האמרגן.
#2
+8
Gergana Vandova
2011-12-20 00:20:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

ישנן תוכנות שונות בהן אתה יכול להזין את הרצף שלך (נניח את כל רצף הגנום) והיא יכולה לזהות עבורך את מסגרות הקריאה הפתוחות (ORF) המשמעותיות, כלומר קודני ההתחלה וקודוני העצירה. ואז, באמצעות הגנים המשוערים הללו, תוכלו לבצע יישור רצף באמצעות BLAST ואז, על סמך הציונים תוכלו לאשר שמדובר באמת ב- ORF. מכיוון שזו הגישה הסטטיסטית, תוכל לאמת את התוצאות שלך במעבדה הרטובה, כפי שאגרימאלדי הציע.

אבל * איך * קובעות תוכנות אלה גבולות גנים? מה הם מחפשים שמעיד על גבול גנים?
אולי צריך להתחיל שאלה נוספת באופן ספציפי באילו טכניקות פרוגרמטיות משתמשים? אולי עם תג ביואינפורמטיקה.
@RichardSmith הם בעצם מחפשים קודני התחלה (ATG, GTG) המגדירים את תחילת מסגרת הקריאה הפתוחה (ORF), ועוצרים קודונים (TAG, TAA, TGA), המגדירים את קצה ה- ORF, ובודקים גם אם מספר הבסיסים בין קודון ההתחלה לקודון העצירה מתוכנן על ידי 3.
@ghchinoy כן, זה יכול להיות מעניין, אבל אני לא חושב שזה יותר מסובך ממה שכבר הסברתי לריצ'רד. ניתן כמובן להוסיף עוד כמה "צ'קים" שהתוכנה יכולה לעשות, כמו אורך ה- ORF.
#3
+6
KAM
2011-12-24 18:28:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אם המטרה שלך היא להגדיר את הגבולות של יחידת התעתיק (החלק של ה- DNA שמתועתק) התשובה הנ"ל היא מדויקת, אם כי אנשים רבים פשוט משתמשים בהומולוגיה כדי לשכפל cDNAs ולא לתגובות RACE. לגישה זו יש יתרון בהגדרת צורות אחוי חלופיות בו זמנית.

אם מטרתך היא להגדיר את "קצוות" הגן, ניתן לעשות זאת רק באופן אמפירי ופונקציונלי מכיוון שאלמנטים שליטה (גבולות, משפרי וכו ') אי אפשר לזהות שימוש באינפורמטיקה, וגם אם מוצאים משפרי דרך, לא בטוח שמשפרים אותם משתמשים בגנים ספציפיים. גנים מסוימים יכולים להיות מיליונים של זוגות בסיס, כך שגם מאות גנים אחרים שזורים זה בזה. "תקן הזהב" להגדרת גבולות הגנים הוא הצלת הפנוטיפ של אובדן תפקוד של מוטציה באמצעות טרנסגן המכיל את הגן המעניין. אם ה- DNA שהופך חזרה לאורגניזם יכול לשחזר את מצב הבר-סוג של מוטציה של גן, ההנחה היא שכל החלקים החשובים של הגן הזה נמצאים בתוך הטרנסגן.

#4
+3
AnnaF
2011-12-19 23:04:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

באופן כללי אתה מרצף את הגנום ואז מחפש רמזים. בדרך כלל ישנם רצפים ספציפיים שקדמו לגן המסייעים לציוד התרגום לדעת "שלום זה המקום בו אנו מתחילים" וכן אזורים שבהם חלבונים יכולים להיקשר המשמשים לשיפור או עיכוב התרגום של הגן.

מחשבים ניתן לתכנת לחיפוש ברצף ולהעלות מועמדים אפשריים שאנשים יסתכלו עליהם מקרוב.



שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...