שְׁאֵלָה:
מתי BLAST לא מצליח ליישר 2 רצפי DNA?
ablmf
2011-12-17 01:07:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

זו מטלה שבלבלה אותי זמן רב. אז אני חושב שאתם אולי לומדים ביולוגיה חישובית. השאלה המקורית היא:

מצא את שני רצפי ה- DNA הדומים ביותר באורך 20 שפיצוץ באורך מילה של 5 לא יצליחו להתאים.

שתיים תשובות:
#1
+14
user59
2011-12-17 01:56:42 UTC
view on stackexchange narkive permalink

BLAST עובד על ידי מציאת התאמה מושלמת בין רצפים באורך השווה ל"אורך המילה "הזה ואז הגדלתו בצורה סטנדרטית - אך עם זאת לא תהיה שום יישור ללא המילה המותאמת לחלוטין.

אז במקרה שלך, עליך לחפש שני רצפים של 20bp ללא תת רצף משותף של 5bp; למשל:

  AAAAAAAAAAAAAAAAAAA  

ו-

  AAAACAAAACAAAACAAAAC  
כן, זו התשובה הסטנדרטית. אך שים לב ש- BLAST עובד אחרת עם חלבון. בגלל זה זה בלבל אותי לזמן מה.
האם "אורך מילה" == k-tuple?
@StudentT בדיוק k ב- t-tuple.
#2
-1
user1503
2012-10-08 02:18:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני לא בטוח שאני מבין נכון את BLAST.

כאשר אתה משתמש ב- BLAST ב- DNA ובחלבון, הם שונים. יש סף T בשלב "זריעה" של חלבון, כלומר רצף הזריעה אינו תואם באופן מושלם. עם זאת, נראה שאין T בשלב הזריעה ואנחנו מחפשים התאמה מושלמת ומרחיבים אותם לרצף הסמוך.

לכן, אם אין התאמה מדויקת באורך מילה 5 בין שני הרצפים הללו, BLAST ייכשל.

אני חושש שאני לא מבין מה אתה מנסה לומר כאן. אתה יכול בבקשה להבהיר?


שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...