שְׁאֵלָה:
מהם הגורמים המגבילים את אורך הגן ומספר האקסונים?
Daniel Standage
2011-12-15 04:11:58 UTC
view on stackexchange narkive permalink

הורדתי לאחרונה הערות גנים עבור Homo sapiens מאנסמבל לצורך ניתוח ביואינפורמטי. לרוב המכריע של ההערות הגנטיות יש 20 אקסונים או פחות, אם כי יש כאלה שיש להם עד 250. אני יודע מספיק על הערת גנים כדי לקחת את התחזיות האלה עם גרגר מלח, אבל זה גרם לי לחשוב ... מה הם הגורמים הרלוונטיים מבחינה ביולוגית שעשויים להגביל את אורכו, מספר האקסון וכו 'של גן? האם יש אפשרות ממשית לגן להיות 50 אקסונים? 100 אקסונים? 250 אקסונים? מנקודת מבט ביולוגית, היכן מתווה הקו ומדוע?

איך אחזרת את הגנים / הערות האקסון? BioMart, או EnsEMBL API?
קיבלתי את קבצי ה- GTF הדחוסים (gzip) ישירות מאתר FTP עם wget.
ממשק ה- API של EnsEMBL Perl הוא דרך מגניבה לאחזר את הנתונים המדויקים הדרושים לך - http://www.ensembl.org/info/docs/api/index.html
שְׁלוֹשָׁה תשובות:
#1
+10
user49
2011-12-15 04:43:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

שאלה זו צונחת בחיקה של האבולוציה המולקולרית והמגבלות המוטלות על הגנים על ידי כוחות המוטציה, הסלקציה, הסחף והקומבינציה.

ישנם מצבים רבים, בעיקר שכפול גנים, כי יכול לגרום לגן חופשי מאילוצים סלקטיביים של ההורה שלו, שרבים מהם יצברו כל כך הרבה מוטציות מזיקות כתוצאה מתהליכים סטוכסטיים שהם יהפכו ללא פונקציונליים psuedogenes. חלקם ניתנים לשינוי ולסידור מחדש, תוך צבירת אקסונים ואינטרונים, ואם הם מסיקים תועלת בכושר על האורגניזם, הם עשויים לעבור לקיבוע בתוך אוכלוסיה. משתנים שיכולים להשפיע על התוצאה, לא פחות מההבדל בגודל האוכלוסיות. נראה כי לגנום של אוכלוסיות גדולות יותר (כמו אלה של חיידקים) יש גנומים קטנים בהרבה, וכמובן שאין (לפחות לא ספליזוזומלי) אינטרונים, אולי כתוצאה מכושר מוגבר בגלל ירידת זמן הייצור של אורגניזם עם יותר גנום דק. זה יהיה רעיון טוב לקרוא את המקורות של אדריכלות הגנום מאת מייקל לינץ ', מכיוון שאני חושב שהוא עונה לשאלותיך, טוב יותר ממני.

רוברטס ואח ', 1993 ו נישיו ואח', 1994 ).

#2
+3
user59
2011-12-15 04:49:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני בספק אם באמת יש מגבלה ישירה; הבדיקה הטובה ביותר תהיה לבדוק אם הגודל תואם, כלומר שגן 1kbp עם 100 אקסונים מעדיף שיהיו לו אינטרונים קצרים מדי.

חיפוש מהיר על פני NCBI Genes מראה אפילו גן 317 אקסון, אם כי כל המקרים הקצהיים האלה נראים כמה אחים לא ברורים של טיטין שהוא פשוט ענק בפני עצמו.

אם מדברים על בקרת איכות ההערות, צריך לחשוב על האילוצים המולקולריים בגודל של אקסון, או אינטרון לצורך העניין. אורכו המינימלי (התיאורטי) של אקסון יצטרך ל -1 bp, אם כי יהיה צורך לחשוב גם על קשירת מכונות מולקולריות המעורבות בזיהוי גבולות אקסון-אינטרון ועל שחבור אקסונים סמוכים. אני צריך לחשוב שאקסונים של פחות מ -6 bp כנראה לא ייחשבו פונקציונליים? ראה http://www.jbc.org/content/270/6/2411.full ו- http://mbe.oxfordjournals.org/content/23/12/2392.full
#3
+3
shigeta
2011-12-15 05:11:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

מסכים עם mbq - טיטאן הוא הגן הארוך ביותר שאני מכיר ויש בו הרבה יותר מ 100 אקסונים. טיטין ו דיסטרופין מאופיינים היטב גנטית ולא חיזויים. טיטין הוא האלוף הזוכה עם 363 אקסונים.

הדוגמאות היחידות שלה כאלו שיכולות לאפשר למנבאי הגן לרוץ כל עוד הם עושים אני חושב שכן התחזיות נחתכות ביורשות כדי להידמות למבנים / אורכי / צומת גנים ידועים וכו '.

דיסטרופין הוא הגן הארוך ביותר, אך אינו מקודד את המוצר הארוך ביותר, שהוא כמובן טיטין. 363 אקסונים הם גיהינום אחד של מספרים! לצחוק בקול רם :)


שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...